মোজাফফরের গ্রেপ্তার শুধু একজন দীর্ঘদিনের পলাতক সেনা কর্মকর্তাকে আটকের ঘটনা নয়। জিয়াউর রহমান হত্যাকাণ্ড নিয়ে প্রকাশিত বিভিন্ন ঐতিহাসিক বর্ণনা অনুযায়ী, তিনি ১৯৮১ সালের ৩০ মে ভোরে চট্টগ্রাম সার্কিট হাউসে যাওয়া সশস্ত্র সেনা কর্মকর্তাদের একজন ছিলেন। জিয়াকে হত্যার মুহূর্তে তাঁর কাছেই ছিলেন মোজাফফর। ফলে ৪৫ বছর পর তাঁর গ্রেপ্তারে পুরোনো কয়েকটি প্রশ্ন আবার সামনে এসেছে—সেদিন সার্কিট হাউসে প্রকৃতপক্ষে কী ঘটেছিল, মোজাফফর কী ভূমিকা নিয়েছিলেন, এত বছর তিনি কোথায় আত্মগোপনে ছিলেন।